為了確保南沙與廣州及珠江三角洲的緊密聯(lián)系，南沙地區(qū)規(guī)劃了以高、快速路為骨架，以鐵路、地鐵、航運(yùn)為支撐的綜合交通體系。
在高、快速路網(wǎng)絡(luò)方面，規(guī)劃了京珠高速公路東線、廣州南沙港快速路、東部快速干線、西部快速干線等5條南沙地區(qū)與廣州聯(lián)系的高、快速路，其中南沙港快速路從廣州環(huán)城高速公路的侖頭立交直達(dá)龍穴島，將廣州市區(qū)的大學(xué)、科研機(jī)構(gòu)、科學(xué)城、大學(xué)城和南沙聯(lián)系在一起。在鐵路方面，規(guī)劃了北接新京廣鐵路快線直達(dá)龍穴島港區(qū)的疏港鐵路。軌道交通方面，地鐵3號(hào)線從番禺廣場(chǎng)延伸到廣州新城與地鐵4號(hào)線交匯后延伸到南沙。
連接港區(qū)與外界的第一座橋梁，新龍大橋已于2004年7月通車。直達(dá)南沙港區(qū)的廣州南沙港快速路已于2005年1月1日 全線通車。連接南沙經(jīng)濟(jì)技術(shù)開發(fā)區(qū)的蒲洲大橋目前正在施工。
公路集疏運(yùn)網(wǎng)絡(luò)
中山的貨源：通過S111（省道）向東經(jīng)（珠江管理區(qū)接口）連接南沙港快速路，經(jīng)新龍大橋，到達(dá)南沙港區(qū)，運(yùn)距63公里。
順德的貨源：通過S362上S111或上南沙大道（魚窩頭接口）連接南沙港快速路，經(jīng)新龍大橋，到達(dá)南沙港區(qū)，運(yùn)距62公里。東莞西部地區(qū)的貨源：通過虎門-京珠高速（橫瀝立交接口）和南沙港快速路連接，經(jīng)新龍大橋，到達(dá)南沙港，運(yùn)距60公里。
番禺的貨源：通過南沙大道（魚窩頭接口）或經(jīng)過S111（珠江管理區(qū)接口）連接南沙港快速路，經(jīng)新龍大橋，到達(dá)南沙港港區(qū)，運(yùn)距57公里。
佛山（南海）的貨源：通過G105國(guó)道向南和S362或者S257相連接，然后經(jīng)S111（省道）或連接南沙港快速路，經(jīng)新龍大橋，到達(dá)南沙港區(qū)，運(yùn)距85公里。
出海航道：
南沙港區(qū)水路距廣州港新沙港區(qū)21海里,距深圳西部港區(qū)21海里,距桂山錨地35海里,距香港36海里,距廣州市38海里;公路距廣州市中心70公里。
